- La personne est peut-être allée dans un DOM-TOM, où on ne tamponne pas les passeports français (sauf sur demande)
- La France autorise la double nationalité, et donc elle n'en a rien à faire que vous ayez utilisé un autre passeport pour aller à l'étranger
Le Japon interdit la double nationalité (et n'ont pas de DOM-TOM

Je connais personnellement une (ancienne) japonaise qui a perdu sa nationalité japonaise sur le champ lors de ce genre de contrôle, car elle n'a pas pu cacher qu'elle avait une autre nationalité.